Pasal 32G ayat (1) Perubahan Ketiga Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia Tahun 1945 dan Pasal 3 ayat (2) Undang-Undang Nomor 15 Tahun 2006 Tentang Badan Pemeriksa Keuangan menyatakan bahwa Badan Pemeriksa Keuangan berkedudukan di ibukota negara dan memiliki perwakilan di setiap provinsi. BPK RI sampai dengan tahun 1996 hanya memiliki tiga kantor perwakilan, yaitu Perwakilan I Medan, Perwakilan II Yogyakarta, dan Perwakilan III Makassar. Untuk menjalankan amanat dari Undang Undang Dasar dan meningkatkan efesiensi serta efektifitas pelaksanaan tugasnya, BPK RI mendirikan kantor-kantor perwakilan di tiap provinsi, salah satunya adalah BPK RI Perwakilan Provinsi Sulawesi Tenggara.
Semula penyebutan nama BPK RI Perwakilan Provinsi Sulawesi Tenggara adalah Perwakilan BPK RI di Kendari, yang dibentuk berdasarkan Surat Keputusan BPK RI Nomor 2/SK/I-VIII.3/1/2006 tanggal 9 Januari 2006 tentang Perubahan Surat Keputusan BPK RI Nomor 12/SK/I-VIII.3/1/2004 tanggal 23 Juli 2004 tentang Organisasi dan Tata Kerja Pelaksana BPK RI. BPK RI Perwakilan Provinsi Sulawesi Tenggara. Namun berdasarkan Keputusan Ketua BPK RI Nomor 01/K/I-XIII.2/1/2009 tanggal 13 Januari 2009 tentang nama Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia, maka nama kantor Perwakilan BPK RI di Kendari berubah menjadi BPK RI Perwakilan Provinsi Sulawesi Tenggara.
Perwakilan BPK RI di Kendari adalah Perwakilan BPK RI ke-19, yang diresmikan oleh Wakil Ketua BPK RI Bapak Alm. Abdullah Zainie, SH pada tanggal 15 November 2006. Pada awal mula berdirinya Perwakilan BPK RI di Kendari menempati gedung milik Pemerintah Provinsi Sulawesi Tenggara (dahulu Kantor Badan Riset Daerah) yang terletak di Jl. Mayjen S. Parman No. 1, Kendari dengan status pinjam pakai. Tiga tahun kemudian, BPK RI Perwakilan Provinsi Sulawesi Tenggara menempati gedung baru yang beralamat di Jl. Sao-Sao No. 10, Kendari dan diresmikan pada tanggal 20 November 2009 oleh Anggota I Dr. Moermahadi Soerja Djanegara, S.E., Ak., M.M., CPA,.
Berdasarkan Keputusan BPK-RI No. 39/K/I-VIII.3/7/2007 tanggal 13 Juli 2007 tentang Organisasi dan Tata Kerja Pelaksana Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia, Perwakilan BPK-RI di Sulawei Tenggara membawahi Sub Auditorat Sultra I dan Sub Auditorat Sultra II serta Sekretariat Perwakilan. Sub Auditorat Sultra I membawahi Seksi Sultra IA dan Seksi Sultra IB. Sub Auditorat Sultra II membawahi Seksi Sultra IIA dan Seksi Sultra IIB. Sekretariat Perwakilan dipimpin oleh Kepala Sekretariat yang membawahi 5 (lima) sub bagian yaitu Sub Bagian Sekretariat Kepala Perwakilan, Sub Bagian Keuangan, Sub Bagian SDM, Sub Bagian Hukum dan Humas, dan Sub Bagian Umum.
Sampai dengan tahun 2012, BPK RI Perwakilan Provinsi Sulawesi Tenggara telah tiga kali mengalami masa kepemimpinan. Kepala Perwakilan BPK RI Perwakilan Provinsi Sulawesi Tenggara pertama adalah Drs. I Made Suarji periode tahun 2006 – 2009, kemudian digantikan oleh Rochmadi Saptogiri, SE., MM., Ak. untuk periode antara tahun 2009 – 2011, selanjutnya Kepala Perwakilan BPK RI Perwakilan Provinsi Sulawesi Tenggara adalah Didi Budi Satrio, SH., MM. periode tahun 2011 sampai dengan September 2013. Estafet Kepala Perwakilan BPK RI Provinsi Sulawesi Tenggara periode tahun 2013 – 2015 dijabat oleh Nelson Ambarita, S.E, M.M, Ak, CFE. Pada tahun 2015 -2018 Kepala Perwakilan BPK Perwakilan Provinsi Sulawesi Tenggara dijabat oleh Drs.Widiyatmantoro yang kemudian dilanjutkan oleh Ir. Hermanto, M.Si. pada awal tahun 2018.