Selain pemeriksaan Laporan Keuangan Pemerintah Daerah, pada semester II tahun 2021 Tugas BPK Perwakilan Sulawesi Tenggara melakukan pemeriksaan kinerja dan Pemeriksaan Dengan Tujuan Tertentu (PDTT). Pemeriksaan ini dilakukan pada sebelas entitas diantaranya enam pemeriksaan kinerja dan lima pemeriksaan PDTT.
Pemeriksaaan semester II tahun ini diantaranya bersifat tematik seperti Pemeriksaan Kinerja Perizinan Kota Kendari, Kinerja Pelaksanaan Vaksinasi Covid 19 Provinsi Sulawesi Tenggara, Kinerja Pengelolaan Pendapatan Daerah Kabupaten Kolaka, Kinerja Pendidikan Vokasi Provinsi Sulawesi Tenggara, Kinerja Pertanggungjawaban Keuangan Pemilihan Kepala Daerah Serentak pada KPU/Bawaslu Kabupaten Konawe Selatan dan Kabupaten Konawe Kepulauan, serta Pemeriksaan Kepatuhan Program Bantuan Langsung Tunai Dana Desa Kabupaten Konawe Selatan. Sedangkan pemeriksaan kinerja yang bersifat lokal terdapat satu pemeriksaan yaitu Kinerja Mutu Pelayanan Kesehatan Kabupaten Bombana.
Selain bersifat tematik, ada pemeriksaan PDTT yang meliputi Pemeriksaan Belanja Daerah Kabupaten Buton Tengah, Belanja Daerah Kabupaten Buton Utara, Belanja Daerah Kabupaten Buton Selatan, dan Belanja Daerah Kabupaten Muna Barat. Pemeriksaan dilaksankan kurang lebih selama 30 hari kalender pada entitas Provinsi dan Kabupaten/Kota tersebut.
