Pasal 23 G ayat (1) Undang-Undang Dasar 1945, dan pasal 3 Ayat (2) Undang-Undang No. 15 Tahun 2006 Tentang Badan Pemeriksa Keuangan menyatakan bahwa Badan Pemeriksa Keuangan berkedudukan di Ibukota negara dan memiliki perwakilan di setiap provinsi. BPK RI sampai dengan tahun 1996 hanya memiliki tiga kantor perwakilan, yaitu Perwakilan I Medan, Perwakilan II Yogyakarta, dan Perwakilan III Makassar. Untuk menjalankan amanat dari Undang Undang Dasar dan meningkatkan efesiensi serta efektifitas pelaksanaan tugasnya, BPK RI mendirikan kantor-kantor perwakilan di tiap provinsi, salah satunya adalah BPK RI Perwakilan Provinsi Sulawesi Tenggara.
BPK Perwakilan Provinsi Sulawesi Tenggara adalah Perwakilan BPK RI ke-19, yang diresmikan oleh Wakil Ketua BPK RI Bapak Alm. Abdullah Zainie, SH pada tanggal 15 November 2006. Pada awal mula berdirinya, Perwakilan BPK RI di Kendari, menempati gedung milik Pemerintah Provinsi Sulawesi Tenggara (dahulu Kantor Badan Riset Daerah) yang terletak di Jl. Mayjen S. Parman No. 1, Kendari dengan status pinjam pakai. Tiga tahun kemudian, BPK Perwakilan Provinsi Sulawesi Tenggara menempati gedung baru yang beralamat di Jl. Sao-Sao No. 10, Kendari dan diresmikan pada tanggal 20 November 2009 oleh Anggota I Dr. Moermahadi Soerja Djanegara, S.E., Ak., M.M., CPA
Berdasarkan Peraturan BPK No. 1 Tahun 2025 tanggal 8 Januari 2025 tentang Organisasi dan Tata Kerja Pelaksana Badan Pemeriksa Keuangan, BPK Perwakilan Provinsi Sulawesi Tenggara membawahi Sekretariat Perwakilan, Bidang Pemeriksaan Sulawesi Tenggara I, Bidang Pemeriksaan Sulawesi Tenggara II, dan Kelompok Jabatan Fungsional. Adapun cakupan wilayah pemeriksaan meliputi seluruh wilayah Provinsi Sulawesi Tenggara yang dibagi menjadi 2 (dua) bidang pemeriksaan, yaitu:
- Bidang Pemeriksaan Sultra I: Pemerintah Provinsi Sulawesi Tenggara, Kota Kendari, Kabupaten Konawe, Kabupaten Kolaka, Kabupaten Kolaka Utara, Kabupaten Kolaka Timur, Kabupaten Konawe Utara, dan Kabupaten Konawe Kepulauan;
- Bidang Pemeriksaan Sultra II: Pemerintah Kota Bau-Bau, Kabupaten Buton, Kabupaten Wakatobi, Kabupaten Muna, Kabupaten Konawe Selatan, Kabupaten Bombana, Kabupaten Buton Utara, Kabupaten Muna Barat, Kabupaten Buton Tengah, dan Kabupaten Buton Selatan.
BPK Perwakilan Provinsi Sulawesi Tenggara telah beberapa kali mengalami perubahan masa kepemimpinan, yaitu:
